Index

A

ApplyManualMask() (hdiprep.HDIprep.hdi_prep.IntraModalityDataset method)

ApplyMask() (hdiprep.HDIprep.hdi_prep.IntraModalityDataset method)

C

Close() (hdiprep.HDIprep.hdi_prep.IntraModalityDataset method) compute_cobordism() (in module patchmap.patchmap_) compute_i_patchmap_cobordism() (in module patchmap.patchmap_) CreateCompositeTransforms() (in module hdireg.HDIreg.transformix)

CreateDataset() (in module hdiprep.HDIprep.hdi_prep) CreateHyperspectralImage() (in module hdiprep.HDIprep.utils) CreateHyperspectralImageRectangular() (in module hdiprep.HDIprep.utils) CropROI() (in module hdireg.HDIreg.transformix)

E

Elastix (class in hdireg.HDIreg.elastix) embed_cobordism() (in module patchmap.patchmap_) Exp() (in module hdiprep.HDIprep.utils)

ExportNifti() (in module hdiprep.HDIprep.utils) ExportNifti1() (hdiprep.HDIprep.hdi_prep.IntraModalityDataset method) ExtractROIcrop() (in module hdireg.HDIreg.transformix)

F

Fill() (hdiprep.HDIprep.hdi_prep.IntraModalityDataset method)

G

GetCropCoords() (in module hdireg.HDIreg.transformix)

GetFinalTransformParameters() (in module hdireg.HDIreg.utils)

H

hdiprep.HDIprep.hdi_prep module hdiprep.HDIprep.utils module hdireg.HDIreg.elastix module

hdireg.HDIreg.transformix module hdireg.HDIreg.utils module

I

i_patchmap() (in module patchmap.patchmap_)

IntraModalityDataset (class in hdiprep.HDIprep.hdi_prep)

M

MedianFilter() (hdiprep.HDIprep.hdi_prep.IntraModalityDataset method) module hdiprep.HDIprep.hdi_prep hdiprep.HDIprep.utils hdireg.HDIreg.elastix hdireg.HDIreg.transformix hdireg.HDIreg.utils

MultiTransformix() (in module hdireg.HDIreg.transformix)

N

NonzeroBox() (hdiprep.HDIprep.hdi_prep.IntraModalityDataset method)

O

Open() (hdiprep.HDIprep.hdi_prep.IntraModalityDataset method)

P

ParseElastix() (in module hdireg.HDIreg.utils)

R

RunElastix() (in module hdireg.HDIreg.elastix) RunOptimalParametricUMAP() (hdiprep.HDIprep.hdi_prep.IntraModalityDataset method) RunOptimalUMAP() (hdiprep.HDIprep.hdi_prep.IntraModalityDataset method)

RunParametricUMAP() (hdiprep.HDIprep.hdi_prep.IntraModalityDataset method) RunTransformix() (in module hdireg.HDIreg.transformix) RunUMAP() (hdiprep.HDIprep.hdi_prep.IntraModalityDataset method)

S

SearchDir() (in module hdireg.HDIreg.utils)

SpatiallyMapUMAP() (hdiprep.HDIprep.hdi_prep.IntraModalityDataset method)

T

Threshold() (hdiprep.HDIprep.hdi_prep.IntraModalityDataset method)

Transformix (class in hdireg.HDIreg.transformix) TraverseDir() (in module hdireg.HDIreg.utils)